When you see in NPS@ the sentence "Paste a scaled profile in prosite format below", you must paste a profile as indicated below.

PROSITE PROFILE :

ID   SEQUENCE_RPOFILE; MATRIX.
AC   ZZ99999;
DT   Mon Feb  3 16:44:20 2003
DE   Generated from MSF file: '/pbil/servers/npsa/www/tmp/20116.wmsf'.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=20;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=18;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.7424185; R2=0.0218336; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=424; N_SCORE=8.5000; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=332; N_SCORE=6.5000; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: E1=*; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20,0,-20,0,20,-10,20,60,-20,-20,0,-10,-20,-10,10,-20,0,-10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='M'; M=-13,2,-23,2,-7,-13,-17,0,1,-7,4,31,-7,-17,0,-10,-14,-10,-3,-26,-6,-4;
MA   /M: SY='M'; M=-9,3,-23,3,-1,-19,-15,-4,-12,7,-12,10,-2,-14,3,0,-3,-5,-9,-27,-10,1;
MA   /M: SY='K'; M=-8,13,-23,4,3,-23,-14,-6,-23,22,-26,-13,19,-13,3,13,2,5,-19,-28,-13,3;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-22,-22,-31,-24,-2,-30,-20,30,-20,14,25,-18,-19,-14,-20,-12,1,22,-23,-3,-21;
MA   /M: SY='T'; M=-3,0,-15,-7,-5,-15,-20,-17,-15,6,-15,-10,0,-10,-5,1,12,34,-5,-27,-10,-5;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,42,-30,28,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,25,-20,0,-27;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-1,-30,5,-9,11,-25,15,-11,-7,-8,-8,-9,-25,-7,-10,-15,-10,-15,11,53,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-17,39,-30,56,31,-37,-13,0,-37,3,-27,-27,15,-7,5,-7,0,-10,-30,-37,-20,18;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-17,-33,-28,2,-33,-28,34,-25,20,15,-27,-27,-25,-23,-16,-5,37,-25,-5,-28;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-5,-30,-3,13,-24,-20,-2,-30,30,-22,-12,0,-15,12,50,-8,-10,-22,-22,-12,9;
MA   /M: SY='L'; M=0,-12,-22,-10,12,-10,-21,-13,-4,-12,14,0,-15,-15,-3,-13,-12,-8,-7,-24,-11,4;
MA   /M: SY='A'; M=43,-8,-10,-16,-8,-20,0,-18,-12,-10,-14,-12,-6,-10,-8,-18,16,4,-2,-24,-20,-8;
MA   /M: SY='G'; M=0,-3,-27,-5,-15,-28,54,-15,-35,-16,-30,-20,9,-19,-15,-16,5,-13,-28,-25,-28,-15;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='S'; M=10,0,-10,0,0,-20,0,-10,-20,-10,-30,-20,10,-10,0,-10,40,20,-10,-40,-20,0;
MA   /M: SY='M'; M=-2,-17,-23,-24,-14,-9,-20,-9,6,-2,3,21,-13,-18,-2,7,-12,-8,3,-20,-6,-11;
MA   /I: B1=*; IE=-105; DE=-105;
CC   /RESCALED_BY=" /pbil/bin/pftools/pfscale /pbil/servers/npsa/www/tmp/20116.finalsortlist /pbil/servers/npsa/www/tmp/20116.pr..";
CC   /GENERATED_BY="/pbil/bin/pftools/pfmake -3s /pbil/servers/npsa/www/tmp/20116.wmsf /pbil/bin/pftools/blosum45.cmp E=0.2 S=0...";
//

To obtain a scaled profile in PROSITE format, you have to use PFMAKE.

For further details about this format, see PROSITE user's manual.


User : public@3.235.74.184. Last modification time : Fri Feb 11 10:13:07 2011. Current time : Wed Apr 1 00:43:31 2020